2202, trois ans après la bataille de Gamillas, le système solaire est de nouveau en paix et la Terre a été restaurée grace au dispositif donné par Starsha Iscandar.

Un traité de paix a officialisé la fin de la guerre entre la Terre et Gamillas qui s'allie pour former une force armée intergalactique avec comme nouveau navire amiral, l'Andromeda, symbole de cette puissance militaire constituée malgré les vœux de paix de Starsha Iscandar.

Mais quand une nouvelle puissance, Gatlantis (appelée également l'Empire de la Comète Blanche) commence à faire des ravages et veut conquérir l'univers, Teressa, une femme ayant d'étonnants pouvoirs, fait de nouveau appel au cuirassé Yamato commandé par Susumu Kodai pour riposter à la nouvelle menace.