L'histoire de Gundam Build Fighters se déroule dans un futur proche.

Sei Iori est un collégien fan de GunPla (Gundam plastic model), des figurines Gundam très populaires. En effet, il est désormais possible de participer à des "batailles GunPla" grâce à ces figurines. Il s'agit d'un divertissement très apprécié, notamment par les plus jeunes.

Un jour, Sei, qui est totalement inexpérimenté dans ces combats, reçoit une pierre étrange de la part d'un certain Reiji, un joueur confirmé. Peu après, sa vie bascule.