Le film se déroule une année après la fin de Yu-Gi-Oh! Duel Monsters.

Yûgi et ses amis ont repris leur quotidien. C'est alors qu'un nouvel élève du nom d'Aigami arrive dans leur classe. Étant lui aussi duelliste, ils décident d'organiser un petit tournoi entre eux.
Pendant ce temps, Kaiba cherche à reconstituer le Puzzle Millénaire pour pouvoir prendre sa revanche sur Yami Yûgi et pour cela, part le déterrer à Kul Elna. Mais là-bas, un jeune homme l'interrompt et engage un duel avec lui afin de protéger le Puzzle.
Yûgi va se retrouver mêlé malgré lui à toute cette histoire qui semblerait avoir un rapport lointain avec son double et la légende des Objets Millénaires.

— Allociné